1、林业

虽然日本的土地面积很小，约145937平方英里，但土地主要被森林覆盖。日本森林覆盖率约为68.2%，仅次于老挝，芬兰，不丹，居世界第四位。日本的森林具有增加出口和就业机会的潜力。中国和韩国对优质木材的需求增长非常快。中国的国内森林资源不能完全满足其需求，因此日本有机会将大部分木材出口到中国。2015年，日本林业生产木材约2000万立方米，营业收入达4360亿日元。林业占GDP的0.04%。日本的森林拥有高品质和种类繁多的树木，40%的森林是人工林。大多数人工林位于陡峭的山脉上，包含雪松和柏树。

2、渔业

鱼被认为是日本的主要自然资源。日本的领海及其专属经济区是世界第六大领海，面积约450万平方公里。渔业一直是日本的主要经济活动。日本国内外的捕鱼业一直以东京筑地鱼市为中心。鱼市是世界上最大的鱼品批发市场之一，尤其是冷冻，加工和鲜鱼。日本有小樽、长崎、钏路、网走等两千多个渔港。

3、农业用地

农业和渔业是日本经济的主要部门，然而，只有总土地面积的20%适合耕种，农业部门得到高额补贴。多年来，可耕地的份额逐渐下降，但农业仍然是主要的经济活动。日本约有400万户农户，其中大部分农户从事农业以外的其他活动。日本的耕地严重短缺。大多数稻田在农村很常见，特别是在冲积平原，湿地和梯田斜坡上。农业的特点是耕地剩余稻米供应减少，农业收入低。为了解决这些问题，作为2014年推出的一揽子改革计划的一部分，日本政府启动了一项整合农田的计划。

4、其他次要自然资源

日本的矿藏很少，主要依靠进口来满足需求。日本的煤炭储量很少，主要分布在九州和北海道。然而，煤炭质量差，难以开采。日本在本州海岸附近钻探了几口油井。在茂原气田和冲绳南部气田等地区也发现了天然气储量。自20世纪之交以来，日本一直在少量生产铜。然而，这些年来产量显着下降。日常生产的其他金属资源包括金，银，锰，锡和锌。日本开采的非金属元素包括硫，锑和石墨。

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